A diferencia de la conquista de Mallorca, en la que participaron principalmente los barceloneses y gentes huidas de las invasiones musulmanas de sus territorios, la del reino musulmán de Valencia se realizó tanto por parte de elementos barceloneses como aragoneses y huidos de las invasiones. Aquí participaron la nobleza y el clero de Aragón, las Órdenes Militares del Temple y del Hospital, las milicias de los pueblos del Bajo Aragón (Teruel, Daroca, Calatayud) y de las comarcas de Lérida y Tortosa, así como de otras del interior del condado de Barcelona. Y fue una conquista lenta. El método consistía en ir devastando las comarcas próximas a las principales poblaciones, para luego terminar asediándolas y forzarlas a la capitulación. Mediante los pactos de capitulación, los conquistadores respetaban la vida, las leyes, las costumbres y las propiedades a los conquistados, lo que explica que gran parte de la población musulmana permaneciera en sus casas. De esta forma, el monarca aragonés se aseguraba el dominio del territorio, con la consiguiente puesta en marcha de un proceso repoblador.
En la conquista de Valencia cabe señalar tres etapas bien diferenciadas. La primera, entre los años 1232 y 1235, fue la conquista del norte del reino, en la que, con el acuerdo de la Orden del Hospital y con el magnate don Blasco de Alagón, que ya había conquistado Ares y Morella (al norte de la actual provincia de Castellón), Jaime I tomó Burriana (julio de 1233), para continuar con Almazora, Castellón de la Plana, Borriol, Cuevas de Vinromá, Alcalá de Chivert, Cervera y Vilafamés, entre otras. La segunda etapa se desarrolló entre 1236 y 1238, después de las Cortes Generales de Monzón (1236). En ellas, el rey pidió ayuda para la empresa y obtuvo, incluso, la bula del Papa Gregorio IX para realizar nuevas conquistas en concepto de Cruzada. Se acometió la parte central del reino de Valencia, incluida la capital, hasta el río Júcar, y dio comienzo con la toma de El Puig (agosto de 1237). Luego cayeron Almenara, Vall d’Uixó, Nules, Paterna, Silla y Valencia (9 de octubre de 1238), que capituló tras cinco meses de asedio. La tercera etapa, entre 1239 y 1245, se centró en la zona meridional, con la ocupación y conquista del reino de Denia. Comenzó con la toma de Cullera y siguió con Castellón de la Ribera, Denia (1240), Alcira (diciembre de 1242), Játiva (mayo de 1244), Montesa, Vallada, Mogente (1244) y Biar (1245).
La repoblación de la zona norte de Valencia, coincidente más o menos con la actual provincia de Castellón, se realizó donando amplios territorios a las órdenes del Temple y del Hospital, así como a numerosos magnates aragoneses, sistema que favorecía a la nobleza. Pero a partir de la toma de Valencia en 1238, la repoblación se efectuó con elementos barceloneses para las poblaciones y lugares abandonados del litoral y con aragoneses para el interior de las comarcas, mientras que en las zonas más meridionales se mantuvo la población musulmana y no hubo prácticamente repoblación. Esto último ocurrió también con respecto a las conquistas de la última etapa. La gran desproporción entre la población musulmana que se quedó en su territorio y los contingentes repobladores de población cristiana, que en muchas zonas fue escaso, es uno de los factores que explican las continuas rebeliones que tuvieron lugar a partir de 1247, como la protagonizada por al-Azrak en la zona montañosa situada al sur de la actual Gandía (Valencia). Esto provocó que se dictara un decreto de expulsión que afectó a más de 100.000 musulmanes y, en consecuencia, una fuerte aportación de elementos repobladores cristianos entre los años 1248 y 1270.
