Desde Carlos V, están enterrados allí todos los soberanos de España a excepción de Felipe V y Fernando VI, cuyos cuerpos se encuentran en la Granja de San Ildefonso; y Amadeo I y José I Bonaparte, quienes están en la basílica de Superga (Italia). Asimismo, reposan en esta cripta los restos de las reinas que fueron madres de Reyes (excepto Isabel Farnesio, quien está en la Granja de San Ildefonso), así como el único rey consorte y padre de rey, Francisco de Asís, esposo de Isabel II.
En total, hay 26 sepulcros de mármol de los cuales 24 están ocupados. Los dos sitios restantes ya están reservados para Don Juan y María de las Mercedes, condes de Barcelona, cuyos restos todavía están en el pudridero de reyes. A pesar de que ellos no fueron soberanos, a su muerte Don Juan Carlos quiso darles honores de Reyes y en sus tumbas ya puede leerse "Ioannes III, comite Barcelona" y "María de Mercedibus, comitissa Barcelona", aunque todavía quedan unos años para que sus restos sean trasladados allí. Ocupados los 26 sepulcros, cuando Don Juan Carlos I y Doña Sofía fallezcan no tendrán sitio para que sus restos pueden descansar en esta cripta de El Escorial. Esta idea ya ha sido estudiada por los miembros de Patrimonio Nacional, quienes pensaron en hacer algún tipo de reforma en el panteón para crear nuevos espacios.
Sin embargo, y a pesar de haber ya planos sobre la obra que iba a realizarse, decidieron frenar este proyecto que consistía en ampliar el Panteón de Reyes construyendo una cripta de iguales características que colindase con la original. Por lo que, a día de hoy, no se conoce en qué lugar descansarán los restos de los Reyes eméritos. Una de las ideas que más se baraja y que muchos aseguran que proviene de Don Juan Carlos, es que sean enterrados en la Catedral de La Almudena de Madrid. Asimos, hay quienes consideran que lo mejor sería crear una nueva y amplia cripta en los jardines de Palacio Real para que puedan albergar los restos de los Reyes y Reinas de España en los siglos venideros.
